Рубен Агилар начал свой футбольный путь в академиях “Гренобля” и “Сент-Этьена”, а профессиональная карьера игрока началась в ФК “Осер” в сезоне 2014/2015. В первый же год он дошел со своей командой до финала Кубка Франции, но в последнем матче “Осер” оступился, уступив “ПСЖ” со счетом 0-1. По прошествии трех сезонов и более сотни матчей защитник перешел в “Монпелье”, с которым открыл для себя Лигу 1 в 2017-ом году. За два сезона (2017-2018 et 2018-2019) он провел 68 матчей и зарекомендовал себя как сильного защитника и незаменимого игрока стартового состава. 6 августа 2019-го года Рубен Агилар подписал с “Монако” контракт на пять сезонов.