Formé à Grenoble et Saint-Etienne, Ruben Aguilar a fait ses débuts chez les professionnels à l’AJ Auxerre lors de la saison 2014/2015, atteignant cette saison-là la finale de la Coupe de France. Après trois saisons et près de 100 matchs chez les Bourguignons, le défenseur rejoint l’élite française et le Montpellier Hérault Sport Club en 2017. Avec 68 rencontres en deux saisons (2017-2018 et 2018-2019), le latéral droit se révèle comme un membre important de l’effectif montpelliérain, réputé pour sa solidité défensive. Le 6 août 2019, Ruben Aguilar s'est engagé pour cinq saisons avec l'AS Monaco. Il honore sa première sélection en équipe de France le 11 novembre 2020, contre la Finlande. L'infatigable latéral droit est l'un des cadres de l'équipe et a honoré son 100e match avec le maillot monégasque en fin de saison 2021-2022, avant de voir son contrat prolonger d'un an, jusqu'en 2025.