Durant quatre années consécutives, Guido Carrillo fait ses armes dans son pays natal avec le club d'Estudiantes. A l'été 2015, il rejoint le Rocher pour un transfert de 8,8M€. Une première saison d'adaptation où il peine à se montrer régulier malgré un but dès sa première apparition face au Young Boys. L'année suivante, il inscrit 7 buts en 17 rencontres et contribue en partie au titre de champion de France, avant d'être touché par une blessure aux adducteurs.