Formé à Niort, c'est au FC Lorient que Benjamin Lecomte s'est révélé en prenant la succession de Fabien Audard. Remplaçant quelques fois le portier des Merlus en son absence, il est prêté en 2013 du côté de Dijon afin d'obtenir du temps jeu. Un choix payant, car il revient en Bretagne la saison suivante et y dispute 140 matchs avant de rejoindre Montpellier en 2017. Après deux excellentes saisons dans l'Hérault, qui lui ont ouvert les portes de l'équipe de France, Benjamin Lecomte s'est engagé pour cinq saisons avec l'AS Monaco en juillet 2019.