Dopo aver fatto esperienza nel calcio a 5, il giocatore di Sarcelles ha debuttato in Ligue 1 con il Tolosa nella stagione 2010/2011. Dopo una stagione di ambientamento, viene considerato un leader tecnico e realizzativo nello spogliatoio del Tolosa, segnando 70 gol in 169 partite in quattro stagioni (dal 2012/2013 al 2015/2016). Trasferitosi al Siviglia nell'estate del 2016, l'attaccante ha vissuto tre stagioni intense con il club andaluso e ha scoperto le competizioni europee, dove ha messo in mostra le sue abilità di realizzatore, trovando la rete 22 volte in 29 partite. In tre anni è diventato il quarto marcatore della storia del club sivigliano (70 gol in 138 partite). Il 14 agosto 2019, Wissam Ben Yedder ha firmato un contratto quinquennale con l'AS Monaco, diventandone il capitano. Nelle sue prime due stagioni, ha segnato rispettivamente 18 e 20 gol in Ligue 1. Grazie al suo grande fiuto per la porta, ha realizzato 98 gol nel Principato, diventando così il terzo marcatore della storia del club dopo Lucien Cossou e Delio Onnis.