Formatosi al Grenoble e al Saint-Etienne, Ruben Aguilar ha debuttato nel calcio professionistico nell'AJ Auxerre nella stagione 2014/2015, raggiungendo la finale di Coppa di Francia in quella stagione. Dopo tre stagioni e quasi 100 partite con l’Auxerre, il difensore raggiunge il principale campionato francese passando al Montpellier nel 2017. Con 68 presenze in due stagioni (2017-2018 e 2018-2019), il terzino destro si rivela un giocatore importante del Montpellier, rinomata per la sua solidità difensiva. Il 6 agosto 2019, Ruben Aguilar ha firmato un contratto quinquennale con l'AS Monaco. La sua prima presenza nella nazionale francese è arrivata contro la Finlandia, l'11 novembre 2020. L'instancabile terzino destro è uno dei giocatori chiave della squadra e ha festeggiato la sua centesima presenza con il Monaco alla fine della stagione 2021-2022, prima di prolungare il suo contratto di un altro anno fino al 2025.