È stato giocatore-allenatore dell’SV Gössendorf (2000-2001) e poi dell’SC Kalsdorf (2001-2004), prima di diventare assistente allenatore dello Sturm Graz (2005-2011) e in seguito dell’SC Kalsdorf, dal 2011 al 2015. Già presente sulla panchina dello Young Boys durante la permanenza di Adi Hütter nel club di Berna, Christian Peintinger ha seguito l’attuale allenatore dell’AS Monaco all’Eintracht Francoforte nel luglio 2018, come assistente allenatore. Nei medesimi ruoli, i due tecnici vengono chiamati nel luglio 2021 alla guida del Borussia Mönchengladbach.