Son premier club sur le Vieux continent est le FC Zurich, où il joue 75 matchs et inscrit 36 buts. Une première expérience remarquée : il termine soulier d’or du championnat suisse avec 24 réalisations. Shabani Nonda est ensuite transféré au Stade Rennais. Une nouvelle fois, il démontre ses qualités de buteur en inscrivant 36 buts en 77 matchs. Après deux saisons réussies en Bretagne, Shabani Nonda signe à l’AS Monaco en 2000 pour remplacer David Trezeguet, parti à Turin. La saison 2002-2003 marque l’apothéose de sa carrière avec une victoire face à Sochaux en Coupe de la Ligue (1-4) ainsi que le titre de meilleur buteur du championnat (26 buts). La saison suivante, il est décisif en demi-finale de la Ligue des champions puisqu’il inscrit un but très important face à Chelsea, qui permet à l’AS Monaco de se qualifier pour la finale. Après cinq ans sur le Rocher, Shabani Nonda quitte le Club en ayant joué 144 matchs et marqué 67 buts.